聯盟成立，透過聯盟的運作與聯盟成員間的協力合作，達成：

1. 完整典藏所有臺灣原住民族相關資料，推展原住民族資料典藏單位合作館藏發展；
2. 促進圖書資訊資源整合與分享，匯整散佚各處的臺灣原住民族相關資料；
3. 建立交換贈送關係，促進資源交流分享；
4. 促成全國原住民族圖書資料服務網絡，建立訊息交流的平台。

在短中程目標上，以成立臺灣原住民族館際合作聯盟，訂立聯盟章程，規劃原住民族圖書資訊服務網絡為首要任務，其次則希望能整合國內原住民族圖書資訊資源，建立線上原住民族聯合目錄檢索機制。 長程目標則希望以提昇國內原住民族圖書館事業，除館藏資料的典藏、交流、分享，更進一步地：

1. 提供聯盟成員之圖書資訊人員教育訓練，提升服務效率及品質，將圖書資訊服務推廣至部落；
2. 調查臺灣原住民族的圖書資訊需求並提供符合其求之圖書資訊服務；
3. 與部落建立合作關係，徵集保存部落文史相關資料；
4. 規劃統籌全國原住民族圖書資訊事務；
5. 加入國際性館際合作組織，促進資源共享，參與國際原住民圖書館論壇，拓展國際交流管道，提升國際視野與能見度。